The Kaderali Lab
Institute of Bioinformatics · University Medicine Greifswald · University of Greifswald
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Biometrie für Biomathematiker
Inhaltsverzeichnis:
- Einführung, Wiederholung: Grundlagen der Biostatistik
- Methodik biomedizinischer und klinischer Studien
- Überlebenszeitanalysen, prädiktive Modelle der personalisierten Medizin
- Auswertung hochdimensionaler biomedizinscher Daten
- Maschinelle Lernverfahren in der Biometrie
- Deterministische und Stochastische Modelle der Systembiologie
- Parameterschätzung und Identifizierbarkeit
- Anwendungsbeispiel der Systembiologie
Ort und Zeit:
- Vorlesung: Mittwoch 10:15 bis 11:45, Raum 201, Fleischmannstr. 6
- Übung: Donnerstag, 14:00 bis 15:30, Raum 201, Fleischmannstr. 6.
Übungen und Klausur:
Zum Bestehen der Übungen sind 3/4 der Übungen zu besuchen (maximal 3 Fehltermine).
Die Klausur findet statt am 31. Januar 2024, 10:15 Uhr in Raum 201, Fleischmannstr. 6.
Bitte bringen Sie zur Klausur Ihren Personalausweis und Studentenausweis mit.
Klausureinsicht: Während der Öffnungszeiten des Sekretariats des Instituts im C_FunGene Gebäude.Die Nachklausur findet als mündliche Prüfung nach individueller Vereinbarung vor Beginn des Sommersemesters statt.
Übungsklausur: (pdf)
Folien und Materialien zur Vorlesung:
Folien, Übungsblätter sowie in den Übungen verwendete Materialien stellen wir Ihnen hier zum Download zur Verfügung. Die Materialien sind mit dem in der Veranstaltung bekanntgegebenen Passwort geschützt.
Folien:
- Folien stellen wir Ihnen parallel zur Veranstaltung zur Verfügung!
- 1. Vorlesung (pdf)
- 2. Vorlesung (pdf)
- 3. Vorlesung (pdf)
- 4. Vorlesung (pdf)
- 5. Vorlesung (pdf)
- 6. Vorlesung (pdf)
- 7. Vorlesung (pdf)
Herleitung der SVM: (pdf) - 8. Vorlesung (pdf)
- 9. Vorlesung (pdf) (mp4 Video)
- 10. Vorlesung (pdf)
- 11. Vorlesung (pdf)
- 12. Vorlesung (pdf)
Übungen:
- Materialien stellen wir Ihnen parallel zur Veranstaltung zur Verfügung!
- R-Referenzkarte (pdf)
- 1. Übung
- Übungsblatt 1 (pdf)
- Datensatz zum 1. Übungsblatt (handouts1-data.csv)
- 2. Übung
- Übungsblatt 2 (pdf)
- Datensatz zum 2. Übungsblatt (handouts1-data.csv)
- 3. Übung
- Übungsblatt 3 (pdf)
- Datensatz Schwangerschaft zum 3. Übungsblatt (handouts3-data-pregnancy.csv)
- 4. Übung
- Übungsblatt 4 (pdf)
- Datensatz Athletinnen zum 4. Übungsblatt (athletes.txt)
- Datensatz Leukämie zum 4. Übungsblatt (handouts4-data-leukemia.csv)
- 5. Übung
- 6. Übung
- Übungsblatt 6 (pdf)
- R script (exercise_6.R)
- Datensatz GSE246053 annotation (GSE246053_annot.txt)
- Datensatz GSE246053 counts (GSE246053_counts.txt)
- Datebsatz Mm.c2 (Mm.c2.all.v7.1.entrez.rds)
- 7. Übung
- Übungsblatt 7 (pdf)
- R script (exercise_7.R)
- R script (kmeans_simulation.R)
- Datensatz (org.Hs.eg.db_3.16.0.tar.gz)
- 8. Übung
- Übungsblatt 8 (pdf)
- R script (exercise_8.R)
- 9. Übung
- Übungsblatt 9 (pdf)
- R script (exercise_9.R)
- Datensatz (zip)
- 10. Übung
- Übungsblatt 10 (pdf)
- R script (exercise_10.R)
- Datensatz (sachs.data.txt)
- Datensatz (sachs.interventional.txt)
- 11. Übung
- Übungsblatt 11 (pdf)
- R script (exercise_11.R)
- 12. Übung
- Übungsblatt 12 (pdf)
- R script (exercise_12.R)